การฝังเข็มเป็นส่วนประกอบสำคัญของแพทย์แผนโบราณจีน เริ่มแรกเป็นวิธีการรักษาพยาบาลชนิดหนึ่ง ต่อมาได้พัฒนาเป็นสาขาวิชา ซึ่งวิชาฝังเข็มเป็นสาชาวิชาที่รวบรวมและวิจัยเทคนิคการฝังเข็ม ตลอดจนกฎเกณฑ์ในการรักษาพยาบาลและทฤษฎีพื้นฐาน

การฝังเข็มมีประวัติยาวนาน ในหนังสือโบราณเคยเอ่ยถึงเข็มที่ทำมาจากหิน ซึ่งเป็นเครื่องมือโบราณในการรักษาโรคด้วยวิธีการฝังเข็ม เรียกว่า "เข็มหิน" เข็มหินชนิดนี้เกิดขึ้นในสมัยยุคหินใหม่ที่ห่างจากปัจจุบันประมาณ 4,000 - 8,000ปี ซึ่งเป็นสมัยปลายของระบบชาติกุลคอมมูน ประเทศจีนเคยค้นพบเข็มหินตัวจริงในการศึกษาโบราณคดี ถึงสมัยชุนชิว(ก่อน ค.ศ. 476 - ก่อน ค.ศ. 770) วงการแพทยศาสตร์ได้แยกตัวออกจากความเกี่ยวพันกับใสยศาสตร์แห่งแม่มดพ่อมด กลายเป็นการแพทย์โดยเฉพาะขึ้น ตาม พงศาวดารตระกูลจั่วในสมัยชุนชิว” บันทึกไว้ว่า ขณะที่นายอี ห่วน แพทย์ที่มีชื่อเสียงตรวจโรคของกษัตริย์จิ้นจิ่งกงนั้น ก็ได้กล่าวชี้ว่า ”หากฝังเข็ม อบสมุนไพรและกินยาไม่ได้ผล ก็ไม่ควรทำ”

ในระหว่างสมัยจ้านกั๋วถึงซีฮั่น ( ก่อน ค.ศ. 25 - ก่อน ค.ศ. 476) เทคโนโลยีหลอมเหล็กได้รับการพัฒนาก้าวหน้า เข็มโลหะได้รับการเผยแพร่มากขึ้นเรื่อยๆ เข็มโลหะเริ่มเข้าแทนมาที่เข็มหิน และได้ขยายขอบเขตการฝังเข็มให้กว้างขวางขึ้น ทำให้การฝังเข็มมีพัฒนาการเร็วขึ้น ในสมัยตงฮั่นและสามก๊ก ได้เกิดนายแพทย์ที่ชำนาญด้านการฝังเข็มมากมาย นายหวางผู่ อี้ ได้เขียนหนังสือ”ตำราการฝังเข็ม” ( เจินจิ่ว เจี่ยอี่ จิง ) ซึ่งเป็นตำราวิชาฝังเข็มที่มีระบบสมบูรณ์เล่มหนึ่ง สมัยเหลี่ยงจิ้นและหนันเป่ยเฉา(ค.ศ. 256 - ค.ศ. 589) ตำราเกี่ยวกับการฝังเข็มมีเพิ่มมากขึ้นอย่างเห็นได้ชัด ในสมัยนี้ การฝังเข็มได้แพร่หลายไปถึงเกาหลีและญี่ปุ่น

ถึงสมัยราชวงศ์สุยและราชวงศ์ถัง( ค.ศ. 581- ค.ศ. 907) การฝังเข็มได้พัฒนาเป็นสาขาวิชาในสำนักแพทย์ในวัง ซึ่งเป็นองค์กรการศึกษาด้านแพทยศาสตร์ในสมัยนั้น ก็ได้จัดตั้งวิชาฝังเข็มขึ้น ต่อจากนั้น วิชาฝังเข็มก็ได้รับการพัฒนาไปลงลึกยิ่งขึ้น ในศตวรรษที่ 16 การฝังเข็มเริ่มเผยแพร่ไปถึงยุโรป แต่ต่อมาในสมัยราชวงศ์เช็ง นายแพทย์มักจะรักษาโรคด้วยวิธีการสั่งยามากกว่าการฝังเข็ม ส่งผลให้เป็นอุปสรรคขัดขวางวิวัฒนาการของวิชาฝังเข็มในระดับหนึ่ง